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BowtiE

bowtie2-build Genome.fasta index genome.fasta :自己本身下载的fa文件 index:自己为之后建立的索引起的名字 回车 建库需要一段时间 之后会生成六个文件即可

(一)安装bowtie Bowtie可以在个人计算机上使用,也可以在CSC服务器上使用终端连接。请参阅以下文档的第一部分,了解如何在笔记本电脑上安装Bowtie。特别是对他们的计算机没有管理员权限的那些应该确保软件的正确安装和功能。Bowtie也可以在服务...

A.碳原子能形成4个化学键,由结构简式可知分子式为C5H4,故A正确;B.中间的碳原子为四面体结构,则所有碳原子不可能在同一平面内,故B错误;C.含有2个C=C键,则1mol该有机物最多可与2molBr2发生加成反应,故C正确;D.与其互为同分异构体,且...

2-4个小时吧,人类基因组。我在windows下跑了接近10个小时,后来在linux下跑,一般不超过4小时就搞定了。

安装,配置j2sdk: 执行j2sdk安装程序,自定义路径,我们的安装路径为:C:\j2sdk1.4.2_04 配置j2sdk: 配置环境变量: 我的电脑->属性->高级->环境变量->系统变量中添加以下环境变量: JAVA_HOME=C:\j2sdk1.4.2_04 CLASSPATH=.;C:\j2sdk1.4.2_04\li...

随着学科的发展,目前许多研究都涉及高通量数据分析 (high throughput data analysis)。 比较常见的是测序结果分析,例如RNA-seq、CHIP等等。 众所周知,数据分析是高通量测序应用于生物研究最关键的步骤,分析不好,得到的海量数据无异于一堆垃。

用bowtie-build 将数据库格式化 Usage: bowtie-build [options]* reference_in comma-separated list of files with ref sequences ebwt_outfile_base write Ebwt data to files with this dir/basename Options: -f reference files are Fasta ...

1、Sam文件各标签含义(tophat/hisat2) •NH:i:: N=1时 为unique。常用于tophat/hisat2产生的sam文件unique read筛眩 •CC:Z: 当为‘=’为map到同一条基因上,一般在map基因组时由于内含子存在而容易出现,他只代表两种不同的方式,...

bowtie 有windows版,tophat 和cufflink都只见过linux版。 如果你想尝试的话还是建议装一个linux。 另外这些软件都很消耗运算,不知你的计算平台如何。

索引 [suǒ yǐn] 基本释义 根据一定需要,把书刊中的主要内容或各种题名摘录下来,标明出处、页码,按一定次序分条排列,以供人查阅的资料。 也叫引得。

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